Još od 13. stoljeća u raznim dokumentima, oporukama i statutima, spominje se samostan i crkva sv. Franje u Krku. Tek se iz pisanih izvora nastalim u 15. stoljeću može iščitati lokacija jer dokument govori da se nalazi vrlo blizu benediktinskog samostana.
Crkva sv. Franje jednobrodna je građevina s gotički nadsvođenom polukružnom apsidom. Orijentirana je tradicionalno zapad – istok. Obzirom da su u sakristiji crkve pronađene freske iz ranijeg razdoblja, pretpostavljamo da je na tom mjesto postojala starija crkva, te da je sadašnja crkva sv. Franje nastala pregradnjom starije crkve. Apsida prema istoku arhitektonski je artikulirana s dva izdužena gotička prozora. Isti prozori zasigurno su se nalazili i na južnoj strani, ali su zbog naknadne gradnje zvonika pregrađeni. Zvonik crkve dovršen je 1743. godine. Nasuprot franjevačke crkve bio je smješten samostan klarisa. Klarise imaju vrlo strogu klauzulu, pa su se iste žalile prilikom izgradnje franjevačkog zvonika jer se iz njega mogao vidjeti njihov vrt. Crkva na južnom pročelju ima tri gotička prozora. Spomenuti prozori izostaju sa sjeverne strane jer se vjerojatno tamo nalazila ona ranija crkva, samostan i gradski bedemi. Od dekorativne plastike potrebno je spomenuti mletačkoga krilatog lava sa zatvorenom knjigom iz XIII. stoljeća, koji se danas nalazi na pročelju iznad zazidanog ulaza. Zatvorena knjiga upućuje na činjenicu da je Venecija tada bila u ratu. Crkva je u svakom slučaju bila pregrađivana i produljivana pa su ova vrata možda nekada bila glavni ulaz u crkvu i tada ovaj reljef puno govori o vremenu njezine izgradnje.
Samostan je izgrađen sjeverno od današnje crkve. O gradnji samostana nema puno podataka, ali poznato je kako je 1500. dalmatinski providur Sebastijan Justiniani dopustio otvaranje prozorskih otvora na dijelu uz gradske zidine. Godine 1625. napravljena je cisterna s klaustrom koja se napaja kišnicom što teče s četiri krova. To potvrđuje da je do tada crkva već bila produžena i da su postojale sve zgrade samostana (osim istočnog dijela – sjemeništa iz 1910.). 
Crkva i samostan sv. Franje mnogo govore o tradiciji franjevačkog reda u Krku. Postoji legenda, zapisana 1500., kako je sv. Franjo zbog nevremena pristao u Krk i ovdje upoznao pustinjaka koji je prihvatio njegovo učenje, nakon čega je i franjevački red utemeljen na Krku.